معاونت آموزشی دانشکده علوم و فناوری های نوین پزشکی همدان مسئول ارائه خدمات آموزشی به فراگیران در مقطع تحصیلات تکمیلی می باشد. رسالت این معاونت نیز همانند دیگر بخش های دانشکده تحقق هدف توانمند سازی دانشجویان دانشکده در راستای حرکت به سمت دانشگاه نسل سوم می باشد. این معاونت در راستای دستیابی به این مهم، بر آن است تا با بکارگیری روش های جدید آموزش، هماهنگی بین حوزه آموزش و پژوهش و اولویت دادن به آموزش های عملی و کاربردی گامی در جهت تولید و ارتقای دانش فنی، توانمند سازی نیروی متخصص کشور و زمینه سازی برای حرکت به سمت دانشگاه نسل سوم بردارد.