معاونت پژوهشی و فناوری دانشکده فناوری های نوین پزشکی با فراهم نمودن شرایط لازم برای انجام طرح های تحقیقاتی و پایان نامه های محصول محور و فناورانه مقاطع تحصیلات تکمیلی (کارشناسی ارشد و PhD) در راستای اعتلای اهداف دانشگاه نسل سوم و کارآفرین نقش خود را در جهت برآورده شدن این اهداف و نیز کمک به تغییر نگرش دانشجویان نسبت به تحصیل، تحقیق و اشتغال و نیز انتخاب پایان نامه های کاربردی در زمینه علوم پزشکی ایفا می کند. این معاونت کلیه خط مشی ها و امور زیربنایی پژوهشی را تدوین کرده و پایان نامه ها و طرح های تحقیقاتی دانشجویان و اعضا هیئت علمی را تصویب می کند، همچنین در جهت توانمند سازی دانشجویان و محققین در امر پژوهش کارگاه هایی را نیز در طول سال تحصیلی برگزار می کند. این دانشکده با در نظر گرفتن پژوهش محور بودن خود با دارا بودن 5 آزمایشگاه مهندسی بافت، بیوتکنولوژی، مهندسی ژنتیک، بیولوژی مولکولی، فیزیولوژی اعصاب و ارتباط با دیگر آزمایشگاه ها و مراکز تحقیقاتی دانشگاه زمینه را برای انجام طرح های پژوهشی و پایان نامه های دانشجویی فراهم کرده است. علاوه بر این، معاونت پژوهشی شرایط را برای ارتباط تمامی اعضاء هیات علمی و محققین دانشگاه در راستای دستیابی به اهداف والای پژوهش فراهم نموده است. امید می رود این معاونت در راستای اجرای این اهداف راه را برای تجاری سازی محصولات دانش بنیان فراهم سازد.